Обет во время бури
В миру будущего святого звали Иваном Климентовым. Согласно житию, он занимался торговлей и возвращался из Повенца с грузом соли, когда на Онежском озере началась сильная буря. В опасности Иван молился о спасении и обещал принять монашество.
Ладью прибило к каменистой отмели возле Большого Климецкого острова. Предание связывает последующее основание монастыря с чудесным обретением иконы Святой Троицы. В благодарность за спасение Иван поставил крест. Память об этом месте сохранилась в названии Крестовой луды — небольшого скалистого островка или отмели.
Из Новгорода на остров
Вернувшись в Новгород, Иван распорядился своим имуществом и принял постриг с именем Иона. Затем он снова пришёл на остров, уже для постоянной монашеской жизни. Здесь были устроены Троицкий и Никольский храмы и кельи для братии.
По житию, к новой общине присоединились монахи из небольшой Нятинской обители, находившейся на том же острове. Иона заботился о строительстве и снабжении, но от игуменского служения отказался. Для церковного повествования это существенная черта: основатель не стремился сделать своё благотворение основанием личной власти.
Обитель в письменной истории
Раннее документальное свидетельство о монастыре сохранилось в записи на Евангелии: в 1521 году книгу приобрёл старец Харитон из Троицкой обители на Климецком острове. Такие небольшие записи связывают житийный рассказ с повседневной историей чтения, богослужения и общения северных монастырей.
Иона умер в 1534 году. Его имя сохранилось в монастырских синодиках и местном почитании. Позднее на остров приезжали паломники из Петрозаводска, бывали здесь и богомольцы, направлявшиеся на Соловки. Онего было для них одновременно дорогой и пространством духовной памяти. История Ионы напоминает о благодарности, превратившейся в дело: полученное спасение он посвятил устройству места молитвы для других людей.